Annual meeting INVITE: delen gegevens en fenotypering
Publicatiedatum: 5 juli 2023
Van 12 tot en met 14 juni kwamen diverse organisaties bij elkaar in Barcelona voor het Europese project INVITE. Meer dan 90 aanwezigen van diverse instellingen en organisaties deelden presentaties van de onderzoeken en hun bevindingen en gingen met elkaar in discussie. Naktuinbouw nam ook deel.
Het vijfjarige project INVITE (Innovations in plant VarIety Testing in Europ) startte in 2019. Het project richt zich op innovaties rond rassenonderzoek (DUS en gebruikswaarde). De kern van INVITE is om de efficiëntie van de beoordeling te verbeteren, vooral door gebruik van nieuwe technologie. Het gaat om de weerbaarheid van nieuwe rassen tegen stress. Zowel om ziekten en plagen als om stress door omstandigheden zoals hitte en droogte. De nadruk ligt op ontwikkeling van nieuwe meet- en analysemethoden met sensoren, modellen en kunstmatige intelligentie. Naktuinbouw levert een aandeel in beeldanalyse, DNA en de ontsluiting van data.
Workpackages
In het project zijn negen zogenaamde workpackages oftewel werkpakketten benoemd. Naktuinbouw heeft onder andere een aandeel in het structureren van de data uit de verschillende pakketten. De andere thema's waar we aan werken zijn het gebruik en de implementatie van DUS, VCU en genotype databasen (WP7) en beeldanalyse of fenotypering (WP2).
DUS-gegevens: data structureren
De hoofddoelen van WP7 zijn:
- Faciliteer de interoperabiliteit (verschillende systemen die met elkaar communiceren en interacteren) en uitwisseling van gegevens binnen de samenwerking.
- Zet een prototype op van een gemeenschappelijke database om fenotypische en genotypische rasgegevens op te slaan met een gebruiksvriendelijke interface.
Sinds 2020 levert Naktuinbouw een dropbox-achtig datadeelsysteem in de vorm van Nextcloud. Het maakt het zelfs mogelijk om terabytes aan gegevens te delen. Via dit platform wisselt het consortium rasgegevens met elkaar uit. Daarnaast host Naktuinbouw ook een 'gitlab code repository' om de broncode te onderhouden.
Door COVID was er vertraging bij het genereren van data binnen het project. Maar in het afgelopen jaar zijn er aanzienlijke gegevens gegenereerd die een plek nodig hadden om te worden opgeslagen. Dus ging Naktuinbouw proactief aan de slag met de database.
Shivendra Dayal van Naktuinbouw, co-leider van WP7 en ontwikkelaar van de database heeft tijdens de jaarvergadering de eerste versie van de database vrijgegeven, waarin allerlei DUS-, VCU- en genotypegegevens kunnen worden opgeslagen. Tijdens de presentatie zelf konden mensen zelf de mogelijkheden van de database live verkennen. Alle eigenschappen van raaigras zijn opgeslagen in de database. Deze database kan worden gebruikt om de variatie van raaigraseigenschappen door de jaren heen te bekijken. Het heeft aparte secties om gegevens te beheren en gegevens te bekijken.
Ook zijn er plannen om DUS-/VCU-gegevens van tomaat, maïs en aardappel aan de database toe te voegen. Er werd ook een enquête gehouden om te begrijpen voor welke gewassen het consortium geïnteresseerd was in het opslaan van gegevens. De database-architectuur wekte veel belangstelling bij het consortium en zelfs de landen buiten Europa die in projecten zoals INVITA werken, wilden er verder aan meewerken.
Michel Ebskamp en Bert Scholte van Naktuinbouw deelden hun kennis en gaven geweldige inzichten in discussies rond DUS en VCU. Met verschillende experts zijn vervolgafspraken gemaakt om de stand van zaken te bespreken in de gewassen waarvoor Naktuinbouw input heeft geleverd: tomaat, Engels raaigras en aardappel. Daarnaast bezoeken WUR-experts de DUS-proeven in grassen en aardappelen in Tollebeek om de mogelijkheden voor de resterende 1,5 jaar van het project te bespreken.
Beeldanalyse en fenotypering
In WP2 gaat het om de ontwikkeling van een snelle, goedkope methode om een aantal uiterlijke kenmerken te beoordelen met visiontechnieken.
Tijdens de bijeenkomst van werkpakket 2 kregen de deelnemers de kans om de app voor het fenotyperen van tomaten uit te proberen. WUR had deze app ontwikkeld en Naktuinbouw was de eerste opdrachtgever. De gebruikers downloadde de app van 500 MB op de Android-telefoons en deden real-time tests.
Deelnemers
Er doen organisaties uit negen landen aan mee. Voor Nederland: Naktuinbouw, NAK en WUR. Er waren vertegenwoordigers aanwezig van ongeveer 50 verschillende instituten: AFBI, Arcadia International, CREA, IRTA/CRAG, The University of Queensland, Better3fruit, Inrae, ARVALIS, Acta , Agri-Food and Biosciences Institute, University of Angers/INRAE, Euroseeds , NIAB , CTIFL, CPVO, NEBIH, Hungary, University of Hohenheim, Naktuinbouw, WUR, GEVES, AGES, Centre for Research in Agricultural Genomics (CRAG), Agroscope, Research Center Laimburg, Technische universiteit van Madrid, INRAE-ISHS, The National Institute of Horticultural Research, Arcadia, ILVO, Bundessortenamt / Federal Plant Variety Office, National Food Chain Safety Office, Hungary, AGES - Oostenrijks Agentschap voor Gezondheid en Voedselveiligheid, Onderzoeksinstituut voor Biologische Landbouw FiBL, ÚKZÚZ, Teagasc, BioSS , INRAE-LEPSE, CSIC, SASA, CREDA-UPC-IRTA, CRA-W, CONSULAI.
Meer weten over INVITE?
Meld u aan voor de nieuwsbrief van INVITE om op de hoogte te blijven.