Het bestuur bestaat uit zes leden en een voorzitter. Het Bestuur benoemt en ontslaat de voorzitter. De voorzitter leidt de vergaderingen van het bestuur en van de sectorraden. De voorzitter is niet gebonden aan brancheorganisaties uit de tuinbouwsector. Een bestuurssecretaris staat het bestuur en de sectorraden bij. De voorschriften van de organisatie zijn vastgelegd in Statuten, huishoudelijk reglement en organisatiebesluit van Naktuinbouw.
De sectorraden bloemisterijgewassen, boomkwekerijgewassen en groentegewassen ondersteunen het bestuur. Iedere sectorraad draagt elk twee bestuursleden voor. Dit kunnen leden zijn uit de sectorraad zelf of van buiten de Raad. De leden van het bestuur worden door het bestuur benoemd.
Brancheorganisatie uit de tuinbouwsector benoemen de leden van de sectorraden. Dit zijn organisaties als LTO Nederland, Plantum, Anthos, de Nederlandse Fruittelers Organisatie (NFO), de Nederlandse gemeenten / openbaar groen (Vereniging Stadswerk), de Nederlandse groothandel in bloemen en planten (VGB) en de veilingen (VBN).
De sectorraden richten zich op het hele werkveld van Naktuinbouw: keuringen, rassenregistratie- en kwekersrechtonderzoek,en de laboratoria. En ook alles wat te maken heeft met opleidingen en kennis binnen Naktuinbouw. Maar ook de financiering van de werkzaamheden en de daaraan verbonden tarifering is een belangrijk adviespunt voor de sectorraden. De sectorraden leggen de tariefvoorstellen met de begroting aan de Minister van LVVN voor. Ook vormen de raden het klankbord van de bij wet bij Naktuinbouw geregistreerde bedrijven. Zo is er een breed draagvlak voor onze activiteiten en een nauwe betrokkenheid van de sector.
Naktuinbouw werkt volgens het kostenmaker-kostendrager-principe. Dat betekent dat alle inkomsten komen uit tarieven voor keuringen/inspecties en van de bedrijven die rassen laten onderzoeken, die opdrachten voor laboratoriumwerkzaamheden geven of workshops bij Naktuinbouw volgen. De kosten worden doorberekend op basis van het zogenaamde 'kostenmaker/kostendrager-principe'. Naktuinbouw ontvangt geen financiële ondersteuning van het ministerie van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur (LVVN). In totaal gaat er bij Naktuinbouw 38 miljoen euro per jaar om.
De auditcommissie is een door het bestuur ingestelde vaste commissie die het bestuur over zijn financiële taak adviseert. De commissie bereidt besluitvorming voor over het toezicht op de kwaliteit van de financiële verslaggeving en op de effectiviteit van de interne risicobeheersings- en controlesystemen.
De auditcommissie adviseert het bestuur gevraagd en ongevraagd over financieel-economische vraagstukken. Denk daarbij aan:
De commissie bestaat uit twee leden van het bestuur en overlegt drie tot vier keer per jaar. De directie en het Hoofd Financiën zijn in de vergaderingen van de Auditcommissie aanwezig. De secretaris van het bestuur staat de commissie bij. De auditcommissie is ook het eerste aanspreekpunt voor de accountant.
Voor het keurings- en inspectiewerk leggen wij periodiek verantwoording af aan de minister van LVVN. Deze wettelijke taak vloeit rechtstreeks voort uit de Zaaizaad- en plantgoedwet (ZPW) en de Plantgezondheidswet. Er zijn een groot aantal Europese richtlijnen en verordeningen voor plantgezondheid en het in de handel brengen van groentezaden, groenteplanten, bosbouwgewassen, siergewassen en fruitgewassen. In Nederland is deze regelgeving met de Zaaizaad- en plantgoedwet en de Plantgezondheidswet geïmplementeerd.
Het doel van de Wet normering topinkomens (WNT) is het tegengaan van bovenmatige beloningen en ontslagvergoedingen bij instellingen in de (semi) publieke sector. Op grond van de WNT worden inkomens en ontslagvergoedingen van topfunctionarissen bij instellingen met een publieke taak, zoals Naktuinbouw, genormeerd en openbaar gemaakt. Jaarlijks worden de bezoldigingsnormen in een ministeriële regeling aangepast.